基礎醫學論文的撰寫有其較為固定的格式和靈活的寫作方法，但原則上按前須要求格式書寫。一般由摘要和主體兩大部分組成。
1. 摘要
摘要應言簡意賅、短小精悍，總字數在300字之內，同時要有足夠的信息量和吸引力，能夠概括全文的主要內容，并可引起讀者閱讀全文的欲望。摘要應反映為什么做本研究、做了哪些工作，發現了什么、結果和結論如何，因此，摘要的內容包括研究目的、方法、結果和結論。根據醫學論文的內容、性質以及信息量等因素，摘要一段分為結構式和非結構式兩種寫作方式。為便于國際文獻檢索系統收錄，或滿足相關期刊的要求，一般需附中英文摘要，兩者要文意一致。
2.引言
引言應精練、簡潔、明快，但又必須把研究中企圖解答的問題交代清楚；主要回答為什么研究，概述立題的目的和國內外研究現狀，簡要說明該研究內容的理論基礎或依據，當前研究的熱點以及存在或尚待解決的問題；對預期成果自我評估要恰如其分，務必客觀公正和實事求是地評價前人的研究工作及其成果；寫作時不應與摘要雷同．也不宜列出本文結論。
3.材料與方法
這部分內容是科技論文的基石，為判斷論文科學性、創新性和先進性的主要依據，對論文的質量起保證作用。應翔實、具體、準確地依次敘述研究工作是如何進行的，撰寫時除了按前面所提及的要求之外，其具體寫作方法可參閱本書第七章相關內容，在這里著重強調寫作中應注意的問題。
3．1 客觀準確 在材料與方法的描述上，務必客觀準確，要具有可重復性；要避免主次不明，記流水賬的寫法，一般以不影響對論文的理解和同行進行重復試驗為度；對藥品、試劑等應寫國際通用名，不得用商品名，對自制的試劑需說明制備過程和純度的檢驗情況，以便重復驗證。
3．2 規范具體 引用他人的方法應注明文獻出處，如系較新的方法，除提供參考文獻外，還應對其原理和方法作一說明；如對某方法進行了改進．或是自己創新的方法，則應具體、詳細報述、以便他人學習和推廣，切忌相互混淆。
4.結果
將實驗所得的數據或資料進行審核，去偽存真，再對原始數據進行分析歸納和統計學處理，便司得出研究的結果。論文結果部分的寫作應突出兩個要點：一是結果部分必須是研究中主要發現的總體描述；二是結果部分的'數據要寫得十分清楚而又簡潔。
5.討論
討論是論文的精華部分，是對引言所提出問題的回答，是將研究結果表象的感性認識升華為本質的理性認識。作者根據自己的研究結果，再與國內外與此有關資料的理論、假說進行比較，通過嚴謹的思考、理論分析和科學推論，闡明研究成果所取得的新發現和新進展，并由此而導出結論，分析其理論與實踐意義。
6.結論
己有摘要的論文，該部分可有可無，當靈活掌握及酌情處理。結論是論文最后的總結，是從正文中概括出來的精華部分，當討論結果后便自然得出結論。撰寫時應言簡意賅，實事求是、恰如其分、符合實際、合乎邏輯，切忌虛構或渲染。結論集中體現了論文學術水平的高低、創造性的大小，在論文中占有舉足輕重的作用。
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