非營利組織是不以獲取利潤為目的、為社會公眾服務的組織。非營利組織的特征可概括為：提供公共服務，不以營利為目的，在經營過程中不獲取回報，清算時資財提供者不能獲取清算財產，承擔一定的受托經營責任。在非營利組織財務中沒有利潤這一指標，這使得非營利組織管理人員經常難以就各種目標的相對重要性程度達成一致，對于一定的投入能在多大程度上幫助非營利組織實現自己的目標難以確定，不同的非營利組織之間也無法進行績效對比，對各部門的職責履行情況難以進行考核評價。改善非營利組織的績效管理，就是通過績效考核等手段客觀評價工作績效，提高整體工作效率，提高工作人員的積極性，發揮非營利組織資源的最大效用，使非營利組織得以生存、發展、壯大，以實現其最大的價值。
一、重視員工的參與，建立有效的激勵機制
非營利組織績效管理要以人為出發點和中心，重視激發和調動人的主動性、積極性、創造性，以實現人與非營利組織的共同發展。如：通過績效工資提高員工的工作積極性，根據績效評估反映員工的實際工作情況，讓員工感到公平，對員工產生吸引力等等；通過幫助員工排除工作中的障礙以及對其進行培訓等提高員工對組織的滿意度；通過目標設定來激勵員工。目標能把人的需要轉變為動機，使人朝著一定的方向努力，并將自己的行為結果與既定的目標相對照，及時進行調整和修正，從而實現目標。
績效管理要重視員工的參與，從績效目標的制定、績效計劃的形成、實施計劃過程中的信息反饋到績效評估、對評估結果的運用以及提出新的績效目標等，都需要員工的參與，需要管理者與員工的相互溝通。這種參與式管理方式滿足了員工獲得尊重的需要和自我價值實現的需要，為非營利組織創造了一種良好的工作氛圍。
現代激勵理論認為，只有與工作本身有關的因素，如適度的目標設定、良好的工作氛圍、挑戰性的工作任務等，才是提高員工積極性的重要因素。對于層次和素質相對較高的非營利組織的員工更是如此。因此，必須建立系統的激勵與約束機制，包括外部激勵與約束機制和內部激勵與約束機制，其中最主要的是建立績效優先的公平分配體系、科學合理的崗位設計和系統有效的員工行為規范，使員工長期保持高效率的`工作狀態。
二、完善信息化管理機制，增強非營利組織的競爭力
非營利組織要廣泛利用現代信息技術，充分開發和利用其信息資源，提高其運行效率。合理構建非營利組織的業務流程和管理流程，完善非營利組織結構和管理制度等，有助于增強非營利組織的應變能力；建立非營利組織的總體數據庫，提高非營利組織對信息的收集、處理、分析的效率和準確性，有助于實現非營利組織管理決策的科學化；建立internet，達到非營利組織內部信息的最佳配置，進一步整合非營利組織的各項資源和服務要素，提高非營利組織的服務效率和管理效率；建立extranet，使非營利組織與合作伙伴、顧客或消費者之間實現信息共享；接通internet，獲得與非營利組織有關的信息，充實信息資源。
非營利組織對所獲得的信息可進行全面、系統的行業分析，以明確合作的潛力和障礙，便于預測哪些計劃將面臨資金困難。在財政緊縮時期，非營利組織之間不得不就捐款和財政撥款展開競爭。如果非營利組織管理者能夠確定其競爭對手，就能夠更好地調動影響非營利組織行為的各種力量，從而使非營利組織受益。
三、完善預算編制，建立有效的績效評估制度
非營利組織在設置預算指標時，應該首先考慮能夠反映其戰略和目標實現影響因素的指標，通過預算的形式將既定戰略加以固化與量化。在編制預算前，非營利組織還要考慮所處的政治經濟環境，明確自己的長期發展目標，把非營利組織的整體戰略與部門和員工個人的工作目標相聯系，確定員工個人的行為標準，為績效考核提供依據。這需要對非營利組織的戰略目標進行分解，首先分解到部門，然后到一個團隊，最后具體到個人，以此為基礎編制預算。 基于預算的績效考評，是對非營利組織調配資源以適應市場變化能力的評價和檢驗。
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