大學是教學與研究的圣殿，獨立精神與自由思想是它堅實的根基。要繼續扮演好這崇高的角色，大學無疑要留住這根基。
當年蔡元培踏足北大，懷揣兼容并包，思想自由的良策，在麾下招納了大批賢良之士，成就現代百家爭鳴，這是對自由思想的推崇；羅家倫在清華改隸廢董，這是希望大學獨立于行政；梅貽琦曾言：大學之大，在大師也，非在大官也，這是希圖教授治校，也是不愿攀附于官員；至于胡適破格錄取羅家倫及其著名箴言教育當引導社會，而非隨逐于社會也，則說的是大學當摒棄世俗偏見，獨立于輿論嚴威。可以說，近代史上中國大學擁有良好開端，以其獨立自由的根本精神開啟了一個波瀾壯闊的時代。
隨后便是高等教育史上兩個節點：1952年的院系調整，1977年的'恢復高考。此后，高校如雨后春筍般涌現，高等教育突飛猛進。進入新世紀，大學的蓬勃發展方興未艾，中國也開始邁入高等教育大眾化的時代。然而發展中的弊端日漸顯露，大學的繁枝茂葉下是土壤的貧瘠和根系的孱弱。
北京大學中文系教授溫儒敏指出，中國大學有五大弊端。僅以項目化為例，名教授不喜教本科，競相爭取研究項目及科研資金或者竭力創收。這在耶魯大學等美國大學是嚴令禁止且得到良好貫徹執行的。還有，當年中央美院一年級新生由徐悲鴻親自教授素描入門，這一點也足以讓當今許多教授自慚形穢。
當前名校飽受詬病的招生政策明顯向城市、向優秀生源基地傾斜，造成農村學生比例極低的驚人現象。清華大學在百年校慶時的宣傳冊上以官職高低而非資歷或成就給校友排位也引來一片質疑，輿論認為這是官本位思想的外在表現，是大學向權利獻媚。像溫儒敏總結的，這一切嚴重腐蝕了近代以來形成的現代大學精神。大學的根發生軟化甚至動搖。
要留住大學精神，當有校長的非凡魄力，有獨立健全的運行體制，有濃厚純正的學術氛圍和卓越的眼光和定位。南方科技大學作為高校改革的試點，在全球招募校長，自主招生，獨立于高考。其校長朱清時在中科大任校長是深覺束縛，希冀在深圳開辟新一片天地。他如今攜南方科技大風雨前行——改革之路任重而道遠。
陳丹青曾問：今日的北大可還是蔡元培的北大？清華還是梅貽琦的清華？要給出肯定的答復，還需中國大學守住獨立自由，把根留住。
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