從18世紀起，牛頓開始被認為是現代科學家時代首屈一指的最偉大的人，一位理性主義者，一個教會我們在冷靜的和純粹的理性路線上思考的人，牛頓的名字一直是科學的代名詞。
但是，牛頓的真實面貌其實并不完全像我們所想像的那樣。一切都源于一個神秘的箱子———牛頓的“黑匣子”，這個大箱子里，保存著許多證據，這些證據能夠告訴后人，曾經占據和完全吸引著牛頓那顆熱情和智慧的心靈的東西到底是什么。
牛頓是在劍橋大學工作時留下這些東西的，但他沒有在離開劍橋的時候銷毀它們，而是把它們保存在那個箱子里。黑匣子里的東西深深震驚著任何一雙18或19世紀，甚至是我們現代人的探索的眼睛，那里面保存著數以百萬字的他未發表過的著作。這些著作是牛頓在整個一生中艱難地隱藏著的秘密。
秘密隨他逝去，在他死后，有人試圖了解這個塵封的秘密。畢肖普·霍斯利奉命檢查過這個箱子，并希望出版箱子里的那浩如煙海的作品，可是他看了箱子中的內容后，驚慌失措地猛然把箱子蓋蓋上了。100年后，戴維·布魯斯特再次查看了那個箱子，但他通過小心地摘錄和幾個嚴肅的小謊言便把“黑匣子”里的真相完全掩蓋了。
紙終究包不住火，“黑匣子”里的秘密最后終于還是被解開了。人們被“黑匣子”里的東西驚得目瞪口呆，那些證據表明，牛頓當時潛心研究的是長生不老藥和廢金屬向黃金轉化的方法。正像劇作家喬治·伯納德·肖在戲劇《在好國王查理的黃金歲月》里放入牛頓口中的話一樣，劇作家借角色表達了牛頓的心聲：“有如此多更重要的事情需要去做：廢金屬向黃金的轉換，長生不老藥，光與顏色的魔術，壓倒一切的是圣經的隱義。我卻把時間浪費在了其他地方，多么大的時間浪費，無價的時間!”秘密著作的另一大部分是他推想和求索的宇宙的秘密真相———所羅門神殿的力量，圣經啟示錄、丹尼爾之書和關于教會歷史的數百頁論述。
看過“黑匣子”中的證據后，所有人都會認為牛頓不是理性時代的第一人，而是魔法家中的最后一個。牛頓的天性是玄奧的、隱蔽的，并且還有著深深的神經過敏，他的后繼者惠斯頓把他評價成：“其性格是我所曾知道的最懼怕、最小心和多疑的性格之一。”所以他整個一生都疏遠女性，終生未娶。
1727年3月20日，偉大的科學家牛頓逝世。在他84歲離開人世時，為他抬棺材的是兩位公爵、三位伯爵以及大法官。伏爾泰是這樣描述的：“他是像一位深受自己的臣民愛戴的國王一樣被安葬的，在他之前，是沒有哪一位科學家享受如此殊榮的。在他之后，受到如此厚葬的也屈指可數。”就在牛頓去世后不久，18世紀偉大的詩人亞歷山大·薄柏總結了世人對牛頓的評價：自然和自然規則在黑夜中躲藏，主說，讓人類有牛頓!于是一切被光照亮。這句詩仍銘刻于牛頓的墓碑上。
