一、項目執行情況
對照農業項目資金管理的總體要求檢查是否做到資金到項目、管理到項目、核算到項目，是否按項目進行管理；檢查項目的實施是否嚴格遵守上級主管部門下達的項目計劃，有無擅自更改項目實施內容、實施標準、實施地點等問題；檢查項目完成進度情況，是否按照計劃時間完成項目。
二、資金使用情況
對照相關農業項目資金配套的管理辦法，重點檢查項目單位是否按照制度規定的開支范圍和開支標準使用農業專項資金，項目資金的管理是否做到專款專用、專賬核算和專人管理，有無擠占挪用項目資金、以撥代支、虛報項目完成額、擅自擴大開支范圍、提高開支標準、計劃外項目支出或基本支出擠占項目資金問題；原始憑證是否符合要求，有無依據不符合規定的'原始憑證或虛假原始憑證列支項目支出問題，以及以虛假業務事項虛報項目完成額問題。
三、項目管理情況
檢查項目單位是否建立了農業項目資金管理辦法等內部管理制度，對項目負責人的要求是否具體、明確；檢查項目單位資金使用審批手續是否完備，是否符合《會計法》關于“會計監督”的有關規定；檢查項目單位是否對每個項目分別進行管理，各個項目的進展情況和完成情況是否明確。
四、項目成效情況
檢查項目單位對已完成項目是否按規定組織驗收；項目單位是否按照項目建議書提出的目標、預期效益對已完成項目的資金使用效果進行評價；項目單位的效益評價意見是否實事求是，有無科學依據；項目是否發揮了資金使用效益，實現了項目目標。
五、問題與建議
既包括具體項目的問題和建議，也包括重大項目資金投向及管理方面的問題與建議。
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