《必經》是一本極為精簡的經，一般人覺得其內容甚為深奧，原因是古人對近代物理學的認識不夠，沒有適當的辭句來形容自然界的現象。其所用的辭句不易為現代人了解，再加詮釋者惟恐不能表達經的中心思想，才逐個字來分析，導致見樹而不見林，失去了經的要領。
《心經》的主題不外乎是解釋一個“空”字，不幸運“空”字被一般人誤解為空無一物的意思，不明的人誤以為佛教是一個落后及消極的宗教。卻不知這“空”是自然科學家想解釋宇宙奧秘的最終目標。從這角度來看，科學反而是落后了佛教二千多年。再說科學家凡事一定要求證，然而“空”的奧秘是無法被科學求證的。
宗教與科學所不同的是前者采取的是“宏觀”的角度，而后者是以“化整為零”的分析方法來研究自然界的現象，因而有互不相容的情形發生。但如果能放棄各自的私見，二者可互相輔助的，因為從不同角度看，真理是應該一樣的。
科學家發現宇宙的一切是“質”與“能”的表現。“質”的最小單位是粒子，“能”是一種波動。人是一個小宇宙，也是由質與能組合而成。 《心經》一開卷就言道，觀自在菩薩照見五蘊皆空。色、受、想、行、識，謂之五蘊，是組合所有“有情眾生尸的基本因素。色是物質也即是身體，其余四蘊是由腦電波的反應而產生。故可歸納為能量。所以色二質二粒子：受、想、行、識二能二波動(編者注：本句觀點欠妥，本刊不予茍同。但因其非本文主題，僅為表述主題觀點的一個過程和手段，故子保留，望讀者注意)。粒子與波動之間的關系在科學上仍是一個謎，因為兩者之間無明確的界限，可以互相交換。“光”同時是粒子也是波動。質與能其實是一體的兩面，分割不開。
“空”是這奇妙境界的代名詞，它包含了合二為一的質與能。萬物是由這兩者的無窮變化而形成。是故“色即是空，空即是色”。能量也是如此，所以也可謂能即是空，空即是能。質與能的總和是不增不減。因為兩者合一而對立和比較也不存在，所以是不垢不凈。“空”是不受時間的約束，故謂不生不滅。換言之，“空”是一個舞臺，萬物在其中生生息息不停地演變。由于“空”中無相對的現象，所以佛教被稱為不二法門或一真法界。
明白此理后，《心經》隨即舉了一大堆無相對的例子，在此也不必詳述。最后的結論是：無苦集滅道，無智亦無得，以無所得故。即是無所謂此岸與彼岸，也無到達彼岸的“法”(無智)。因為眾生本身已具有佛性，不必外求(無得)。這部經主要的是提醒已有成就的修行者不要執著“法”而不得正果。難怪初修者看了摸不著頭腦，佛陀明明講了四十多年的四圣諦，豈不是什么都沒有講?原因乃是他從單一的而不是從觀自在菩薩的角度來看。故《心經》以“照見”來表達這像太陽光一般的角度，普照四方。《心經》在此指導我們如何觀察。
民間佛教常勸人多多行善，所以一般人對佛教的“不思善、不思惡”困惑不解。其實其中并不矛盾。人是為了避免惡報而行善是無可厚非，然而世上一切的爭紛也是因為對立而引起。所以思善及思惡同樣是犯了分別心。兩者只取其一就是執著。
往生西方極樂世界是一般佛教徒追求的目標。凡是在二元世界里有樂必有苦，只有佛國是超越苦樂。所以要修的應該不是離苦得樂，而是脫離有對立的世界才是。這就是《心經》要傳遞的訊息。然而智慧是要從對立和比較中成長。人生是從不完整(分裂)而走到完整(圓融)的路途。
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