《內經》全書由162篇文章組成，由于書出眾手，又非一次性結集而成，所以風格上有很大的差異。
如以篇幅而論，各篇內容長短懸殊，《素問•經絡論》全篇只有一百四十余字，而《素問•至真要大論》卻長達六千余字。若以行文風格而論，也有明顯的差異，有的像漢賦一樣辭藻華麗，有些則古樸質直。
此外，從文章的論述主題來看，也存在較為分散的問題，162篇文章的排列順序似也沒有明顯的邏輯。同一問題會在不同的文章中出現，而同一篇文章中可能論述到不止一個問題，甚至某些問題的論述中，還存在前后矛盾之處。
如果能夠了解《內經》成書和流傳過程的復雜，這些差異的產生其實都不難理解。可是，對于剛接觸《內經》的人來說，就難免會產生凌亂的感覺。
如果有這種情況，不妨借助于一些后世學者對《內經》進行分類研究的著作。如明代醫家張介賓花費三十年時間，將《素問》與《靈樞》既有順序完全打亂，根據論述的主題重新分類編排為《類經》，共分為十二類：攝生、陰陽、藏象、脈色、經絡、標本、氣味、論治、疾病、針刺、運氣、會通。顯然，經過這樣的分類歸納，再去理解《內經》所論述的主題，自然方便了許多。
事實上，現在的中醫院校中醫基礎理論和《內經》教材中，也多采取這種分類的單元形式。
那么，《內經》中主要講了哪些內容呢?雖然從古到今，對《內經》分類上會有一些區別，但一般而論，大體上都會包括如下內容：養生、陰陽五行、藏象、經絡、病因病機、診法、治則治法、針刺、五運六氣等。這其中，有些可能一看便明白其意，如養生、陰陽五行等，有些則可能較為費解，不妨選擇一些略加說明。
養生是關于健康與長壽的探討，《內經》第一篇《上古天真論》就是養生專章，全書含有豐富的養生內容，稱得上是一部養生寶典。《內經》以“不治已病治未病”的預防思想為主旨，不僅確立了中醫養生的基本原則，如天人合一、恬淡虛無、形神共養、動靜得宜等，而且也有具體的養生方法，凝結了古人在養生方面的智慧，值得珍視。
藏象學說是《內經》理論的核心內容，它是以五臟為中心，將六腑、五體、五官、九竅、四肢百骸等人體的各部分組織器官分為五大系統，通過經絡、氣血等貫通在一起。認為人體是一個有機的整體，各臟腑組織雖然在功能上各有分工，但是并不孤立，而是通過經脈連屬、氣血流貫，相互聯系。
經絡嚴格上來說屬于藏象系統，不過因為它非常重要，又具有相對獨立性，所以往往單列。經絡主要包括經脈和絡脈，是人體內氣血流貫、溝通臟腑形體官竅、聯系上下內外、感應傳導信息的網絡狀系統。經絡學說是針刺技術的理論基礎，在中醫理論與臨床上均具有特殊的學術價值。
病因和病機主要研究疾病的發生和發展變化。二者有密切聯系，又有各自的重點。
病因即疾病產生的原因，主要探討疾病為什么會發生，以及發生的性質、致病特點與規律。《內經》認為疾病的發生主要是自然界氣候的異常變化(六淫)與人體自身情志不調(七情)兩大原因造成。
病機又稱病理，指疾病在人體內發生種種變化的機理，《內經》主要以邪正盛衰、陰陽失調、升降失調等闡釋病變的原理，認為病機與人體的體質強弱、致病因素的性質有密切關系。
診法顧名思義，即診斷疾病的方法。《內經》中已經確立了以“望聞問切”為主的診斷方法系統，強調診察疾病應該“四診合參”。其中對于察色與切脈的論述最詳細，僅脈象就記錄了170余種，并總結出了“遍診脈法”、“三部九候診法”、“人迎寸口脈診法”、“寸口脈診法”等，對于臨床治療有很大的指導價值。
治則治法就是治療疾病的原則與方法。《內經》中不但有較為完備的治療理論，如正治發治、治標治本、三因治宜等，而且記載了許多具體的治療方法，如砭石、針刺、艾灸、藥物、導引、按摩等，其中對于針刺療法的闡述最為詳盡，從針具的選擇、針刺的原理、針刺手法、針刺宜忌等均有詳細的闡述，而藥物的方劑，全書只有十三方。
五運六氣簡稱運氣，是研究自然界天體運行與氣候變化對人體生理、病理、疾病流行等產生的影響。它以一甲子(六十年)為一周，將天干與五運結合，地支與六氣結合，形成了六十種氣象變化的類型，研究自然界氣象變化與人體健康和疾病的流行關系。
從上面的簡要介紹可以看出，《內經》確是一本內容極為豐富的醫書，從疾病的發生變化，到治療原則與方法，乃至預防養生等方面都有系統的理論論述，形成了中醫學的理論體系，它的產生也標志著中醫基礎理論的初步確立。
此后，雖然中醫學理論仍然不斷有所發展，但在基本原理上并未超越《內經》，所以，直到今天，《內經》在中醫的臨床診療中仍然居于指導地位。從這個角度來看，將《黃帝內經》稱為中醫的經典，確實名至實歸。
但是，《內經》不只是一本治病的書而已，它主張“夫道者，上知天文，下知地理，中知人事，可以長久”，所以《內經》中也包含了豐富的天文、地理、哲學、心理學、氣象學等知識，揭示了醫學與天文、地理、社會等的密切聯系，所以，與其說它是一本醫書，還不如說是一部生命的百科全書更為恰當。
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