DNA主要類別
單鏈DNA
單鏈DNA大部分DNA以雙螺旋結構存在，但一經熱或堿處理就會變為單鏈狀態。單鏈DNA就是指以這種狀態存在的DNA。單鏈DNA在分子流體力學性質、吸取光譜、堿基反應性質等方面都和雙鏈DNA不同。某些噬菌體粒子內含有單鏈環狀的DNA，這樣的噬菌體DNA在細胞內增殖時則形成雙鏈DNA。
閉環DNA
閉環DNA沒有斷口的雙鏈環狀DNA，亦稱為超螺旋DNA。由于具有螺旋結構的雙鏈各自閉合，結果使整個DNA分子進一步旋曲而形成三級結構。另外假設一條或二條鏈的不同部位上誕生一個斷口，就會成為無旋曲的開環DNA分子。從細胞中提取出來的質粒或病毒DNA都含有閉環和開環這二種分子。可根據兩者與色素結合能力的不同，而將兩者分離開來。
連接DNA
連接DNA：核小體中除147bp核心DNA 外的所有DNA。
模板DNA
模板DNA可以是單鏈分子，也可以是雙鏈分子，可以是線狀分子，也可以是環狀分子（線狀分子比環狀分子的擴增效果稍好）。就模板DNA而言，影響PCR的主要因素是模板的數量和純度。
互補DNA
互補DNA構成基因的雙鏈DNA分子用一條單鏈作為模板，轉錄誕生與其序列互補的信使RNA分子，然后在反轉錄酶的作用下，以mRNA分子為模板，合成一條與mRNA序列互補的單鏈DNA，最后再以單鏈DNA為模板合成另一條與其互補的單鏈DNA，兩條互補的單鏈DNA分子組成一個雙鏈cDNA分子。