平行志愿的弊端
其一是許多高水平大學的部分專業很少有第一志愿考生，甚至冷門專業都是調劑過來的考生，專業思想很成問題。有一種說法：“本科選學校，碩士選專業，博士選導師”，于是許多人認為，本科最重要的是考上一所高水平大學，從而導致部分學生在自己不喜歡的學科專業，學習動力不足。
其二是生源單一化，分數扁平化，原來一些大學能錄取到部分分數比較高的考生，這些考生在大學中表現相對突出，不僅對這些大學有利，實際上也為這些考生提供了較大的發展空間。實行平行志愿，學生的程度比較整齊劃一，降低了學生群體的多樣性。
其三便是“分數至上主義”，實行平行志愿的錄取辦法，進入中國高考歷史上最重視分數的時期。高等學校基本上沒有了什么招生自主權，招生辦變成了“接生辦”。
平行志愿的特點是什么
1.志愿并列。考生所填報的多個院校相互并列。即在同一投檔時間段，考生所填院校均有可能被檢索。
2.位次優先。在檢索考生填報的院校志愿前，首先要將所有考生分科類按投檔分(高考總分加政策照顧分)從高分到低分進行位次排列。投檔檢索時，先從最高位次考生志愿檢索，再依次檢索以后位次的考生志愿。
3.遵循志愿。考生所填報的多個院校仍有自然順序。檢索考生所填報的幾個院校志愿時，是按考生填報志愿時排列的院校自然順序依次進行的。當考生的投檔分達到首先被檢索到的院校投檔線時，該生即投到該院校，由高校擇優錄取。考生檔案一旦投出，即不再檢索該生的其它志愿。
4.一輪投檔。由于考生所報志愿是平行的，故投檔檢索只能進行一輪。如果考生因幾個平行志愿均未滿足條件而未被投檔，或投檔后被院校擇優后退檔，就只能參加征集志愿或下一批次錄取。