考生取得畢業證書時，市考辦會將畢業證書與學籍檔案材料原件一起發到考生手中，考生要自行存放學籍檔案。有工作單位且單位有存放人事檔案部門的自考畢業生，可將學籍檔案材料及時送單位人事部門，而對于沒有工作單位的考生，可將學籍檔案材料原件存放街道辦事處、當地派出所或人才交流中心等有權存放人事檔案的部門代管，與自己的人事檔案歸在一起，一定不要自己拿著，你的學籍檔案應是人事檔案的一部分。
在高校研究生錄取過程中，有的自考生個人手持自考檔案辦理調檔工作，這是不允許的。考生應該了解每個人的檔案都與自己今后升學、就業、提職、出國等有著極其密切的關系，不能忽視自己檔案的存放問題。自學考試的學籍檔案也叫考籍檔案，主要包括《畢業生登記表》和《考生畢業審定表》，內容涉及考生姓名、專業、區縣、第一次參加考試時間、準考證號、填表日期、曾用準考證號、身份證號碼、其他身份證件號、聯系電話、本人簡歷、獎懲情況、自我總結、單位鑒定、初審及復審等信息。