入選國家“中西部高校基礎能力建設工程”、“卓越醫生教育培養計劃”、“卓越農林人才教育培養計劃”、“服務國家特殊需求博士人才培養項目”、“湖南省2011計劃”，為中國服務外包校企聯盟成員單位。
吉首大學成立于1958年4月，1978年復升為省屬綜合性大學，同年中南大學湘雅醫學院湘西分院并入吉首大學組建醫療系，湘潭大學湘西分校并入吉首大學組建體育系，2000年，吉首衛生學校并入吉首大學；2001年，湘西民族教育學院與吉首民族師范學校并入吉首大學組建吉首大學師范學院；2002年，武陵高等專科學校（武陵大學）并入吉首大學成為吉首大學張家界校區。