芽軸是指將芽縱切，在放大鏡下觀察，可見芽中央的一個中軸。芽軸的頂端有生長點，在芽軸上部，節和節間界限不明顯，芽軸周圍有許多葉原基和芽原基。芽軸的下部，節與節間開始分化，芽軸被幼葉層層包裹著，保護著芽軸頂端的生長點。由此可見，芽軸是未發育的莖，它具有節間距離很小的節，節上有幼葉，葉腋里有側芽，頂端有頂芽。芽軸發育為植物根與莖之間的部分。
胚軸是指子葉著生點與胚根之間的軸體。種子萌發后，發育成連接莖和根的部分。由子葉到第1片真葉之間的部分，稱為“上胚軸”；子葉與根之間的一部分，稱為“下胚軸”。胚軸發育為連接莖和根的部分。