入選國家“中西部高校基礎能力建設工程”、安徽省第一批地方特色高水平大學和第一批綜合改革試點學校、國家“特色重點學科項目”建設高校、國家建設高水平大學公派研究生項目、國家級大學生創新創業訓練計劃、國家藥品臨床研究基地、中國政府獎學金來華留學生接收院校、教育部“卓越醫生教育培養計劃”試點高校，長三角醫學教育聯盟創始成員。
學校前身是1926年5月創辦的上海東南醫學院。1949年底，響應中共中央華東局“面向農村，走向內地”的號召，東南醫學院內遷安徽省，成為安徽省第一所高等醫科院校。1952年改名為安徽醫學院。1985年更名安徽醫科大學。