工程項目施工過程跟蹤審計是隨著施工進度，對項目施工的投資、進度、質量控制情況及其他事項實施審計的方法。跟蹤審計的實施過程與施工過程同步進行。施工過程是動態的，并且往往是立體交叉推進，即若干個單位工程的多個分部分項工程同時施工。如果審計部對工程項目施工全過程的每個分部分項工程、每項工程建設管理活動全部參與并審計，將造成審計重點不突出，工作量大，不僅造成了審計資源的浪費，也不可避免地會影響施工管理部門作用的發揮，滯礙工程進度。因此，科學合理地選擇審計介入的時機和內容，是高質量完成施工過程跟蹤審計的關鍵。
科學合理地選擇審計介入的時機和內容，就是要選擇對工程質量、投資、進度影響較大且事后不能審計或審計難度較大的內容，作為審計跟蹤點，規定為必須審計的內容。其他工程內容及管理活動，有關單位和部門可按正常施工程序進行，審計部則根據審計資源情況和便利條件不定時抽查。
一、編制審計方案，設置審計跟蹤點，按計劃進行審計
審計部在工程項目開工前，根據工程項目建設特點、施工圖紙、工程進度計劃、施工組織設計、監理工作方案等資料編制審計方案，科學合理地設置審計跟蹤點和配置審計資源，并明確告知被審計單位和部門。審計實施過程中根據工程具體情況調整審計方案，對審計方案進行動態管理。
審計跟蹤點的設置直接關系到審計項目的質量和效果，因此，應認真分析判斷和篩選，慎重確定審計跟蹤點。根據工程項目的建設特點，審計跟蹤點一般有三種形式。
1、施工過程審計跟蹤點。
在項目施工中，某些單位工程、分部分項工程的施工方法和措施，對工程質量、投資及施工安全有較大影響，事后又無法審計取證的，應把其施工過程確定為審計跟蹤點。如重要梁柱基礎的施工過程、重要設備構件的吊裝拼裝過程等。
2、施工管理活動跟蹤審計點。
設置這類審計跟蹤點的目的是便于掌握工程項目的整體情況，并在不影響施工進度和施工程序的情況下，對投資、進度、質量控制情況進行審計。此類跟蹤審計點一般必須采用現場審計與參與施工管理活動相結合的方式，對主要的施工活動進行審計。此類審計跟蹤點主要包括單位工程以上的工程驗收、隱蔽工程隱蔽前的驗收、圖紙會審、現場技術交底、設計變更的審查、工程建設例會、特殊情況下召開的與工程建設有關的會議、主要材料和設備的進場清點檢驗等。
3、施工停審點。
它設定于工程施工的連續兩道工序之間，即在某項工序完成后，各項檢驗、驗收手續已經履行，下到工序開始之前。此類審計跟蹤點設定后，不經審計確認一般不得逾越。設置施工停審點的主要目的是對建設管理、監理等工程建設有關各方面的職能和職責履行情況進行抽查審計，同時也可解決一些事后審計的難點和疑點問題。由于對施工進度有一定影響，故施工停審點不宜設置過多，施工停審點的審計持續時間也不宜過長。
二、委派審計人員，不定期地對工程施工進行抽查審計，及時掌握工程項目施工動態。
審計部根據工程項目施工的進度，每周至少委派審計人員不定期到施工現場進行一次抽查審計，并做好審計記錄。審計人員到施工現場進行抽查審計的內容包括施工日記、監理日記、材料和設備的清點檢驗記錄、工程建設例會記錄、現場簽證及工程變更、隱蔽工程驗收記錄等。審計人員在開展審計時，并不事先通知被審計單位和部門，以突擊檢查為主，但以不影響工程進度和施工管理為前提。
施工過程跟蹤審計還應解決審計程序、方式，及如何加強對審計質量控制的問題。傳統審計已經將審計通知書—審計作業—審計報告—審計復核—審計意見和審計決定作為一種程式，審計意見和審計決定往往在審計結束后做出。然而，施工過程跟蹤審計是與施工作業同時進行的，隨時可能發現一些問題，隨時需要有關部門和單位予以糾正，如果對審計中的發現仍按常規程序進行，那么有很多事項就會失去糾正時機，跟蹤審計的效果和作用就會減弱。因此，施工過程跟蹤審計必須就審計發現隨時做出審計意見和決定，以增加審計工作的時效性，同時盡量避免施工進度受到審計工作的影響。
根據施工過程跟蹤審計的特點，發表審計意見和做出決定可采取三種形式，即口頭、審計底稿與審計整改單、正式審計公文。對一般性問題，發現后有關單位立即主動整改的，以及對施工安排、施工組織等方面的意見，審計人員可用口頭的形式向有關單位和部門發表審計意見，并視其重要程度在事后補做審計記錄；對因質量問題需要停工、返工和對施工方案及投資質量控制措施等存在異議，或需要提出必要的審計建議且初步交換意見與有關單位和部門達成一致的，可用審計底稿和審計整改單的形式提出審計意見和審計決定；對發現的重大、有傾向性或經多次提出屢禁不止的問題，以及發現的設計方案存在缺陷的問題，審計部門應出具正式審計文書包括審計意見、審計決定等，同時要求被審計單位反饋整改意見。
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