嘉靖四十四年（1565年），有光第九次去參加會試。事前他已不抱任何希望了。再過一年他就六十歲了，這是他最后一次進入科場，倘若再不取，他就打算回鄉安心教書養老，不再有入仕的企圖。就在灰心之際，希望之門卻徐徐為他啟開了。
這次主考官是高拱，副主考余有丁。余有丁早年曾想拜歸有光為師，對歸有光的才華和為人深為佩服。在閱卷中，余有丁十分仔細，反復檢查。突然發現一卷文稿文風古樸凝重，可以斷定是出自歸有光之手。于是大力向主考官高拱推薦。高拱也很佩服歸有光的文章和為人，于是頂著很大的壓力錄取了歸有光。歷經漫長的磨難后，歸有光終于在晚年考中進士，得以一償自己多年的夙愿。而此時的他早已鬢發皆白，垂垂老矣。
按照慣例，三甲進士都要外放地方任官。選授給歸有光的官職是浙江長興縣令（今浙江長興縣），官階正七品。歸有光考慮到自己年老體弱，不適宜長途跋涉，過度操勞，寫了份奏折請求改任文學博士之類的閑官，但未獲批準。臨行前，親友們紛紛來安慰。 歸有光卻豁達地說道：“沒關系。我為什么不能去做縣令？如果天底下的讀書人都不愿 去做，又有誰去做縣令呢？”
長興縣地處湖山之間，長期沒有縣令。一切由貪婪的衙吏們把持，官府豪門暗相勾結，弄得民不聊生，盜賊橫行，一片烏煙瘴氣。有光到后不久，便銳意革除弊端，為民造福。在糧產經濟上，歸有光大力推行洪武以來江南施行的糧長成法，抑制豪戶地主，方便百姓。在治理上，他不畏強暴，不顧刁猾的縣吏們阻擋，親自清理大宗冤案。歸有光理訟決獄，不滿足于翻看卷宗，而是注重調查，深入民間。審案中，他常常把與案情有關的婦女、小孩等叫來詢問。對一切有害百姓的法令如清軍法、追究逃欠等都盡量變通 辦理。這種施政舉措自然招來上司和地方豪強們的不滿和忌恨。在他們的極力詆毀下， 歸有光在長興任職不到兩年，就被免除職務，改任順德邢州（今河北省邢臺市）通判，管理馬政。
隆慶三年（1569年）冬，歸有光以邢州副職的身份進京賀萬壽節，得到恩師高拱的薦引，提升為南京太仆寺丞（主管馬政及畜牧事業的官），后又被留京掌內閣制敕房，修《世宗實錄》。這段時光可謂是歸有光一生最順利的時期。歸有光自己也躊躇滿志， 希望能借此機會在學術上再有所成就。不料竟于隆慶五年（1571年）正月十三罹患重病， 死于任上，年僅六十六歲。后人將他歸葬于昆山城，讓他回到了生于斯、長于斯的故鄉。
歸有光死后，他的文學成就得到了世人的認可。與他在文學上論爭得最激烈的王世貞也由衷贊嘆他的文章自然天成，不事雕琢而自有風味，超然杰出，可為一代名家。