一、實(shí)例分析各方案的稅負(fù)和毛利
例如：甲公司是國(guó)際貨代公司（二代），無(wú)船承運(yùn)人，增值稅一般納稅人，稅率6%。2014年9月甲公司發(fā)生國(guó)際代理服務(wù)費(fèi)106萬(wàn)元（價(jià)稅合計(jì)），支付國(guó)外代理ABC公司86萬(wàn)元（國(guó)外賬單），支付商檢費(fèi)5萬(wàn)元（出入境檢驗(yàn)檢疫收費(fèi)收據(jù)），報(bào)關(guān)費(fèi)2萬(wàn)元（0稅率增值稅普通發(fā)票），支付給運(yùn)輸車(chē)隊(duì)送貨費(fèi)3萬(wàn)元（11%增值稅專(zhuān)用發(fā)票），發(fā)生國(guó)內(nèi)運(yùn)輸53萬(wàn)元（價(jià)稅合計(jì)），應(yīng)付船公司25萬(wàn)元（6%增值稅專(zhuān)用發(fā)票），支付車(chē)隊(duì)A運(yùn)輸費(fèi)12.5萬(wàn)元（11%增值稅專(zhuān)用發(fā)票），車(chē)隊(duì)B運(yùn)輸費(fèi)5萬(wàn)元（3%增值稅專(zhuān)用發(fā)票）。增值稅=銷(xiāo)項(xiàng)稅額-進(jìn)項(xiàng)稅額，城建稅=增值稅*7%，教育費(fèi)附加=增值稅*3%，分別計(jì)算各個(gè)方案的稅負(fù)和毛利。方案一、方案二A、方案二B繳納的稅金分別是6.49萬(wàn)元、0.22萬(wàn)元、2.17萬(wàn)元，銷(xiāo)售稅負(fù)率是4.33%、0.15%、1.45%。申請(qǐng)免稅的兩個(gè)方案（方案二A、B）的稅負(fù)明顯下降，免稅且單獨(dú)核算，稅負(fù)最輕，方案二A對(duì)公司最有利。方案一、方案二A、方案二B稅后毛利分別是14.01萬(wàn)元、14.28萬(wàn)元、12.33萬(wàn)元。方案二A的毛利最大，應(yīng)是最優(yōu)先選擇的方案。與通過(guò)稅負(fù)核算的結(jié)果一致。
二、實(shí)際操作中應(yīng)注意的問(wèn)題和建議
（一）進(jìn)項(xiàng)稅的核算
國(guó)際貨代公司一般情況下都是國(guó)際運(yùn)輸服務(wù)為主，國(guó)內(nèi)運(yùn)輸服務(wù)為輔。國(guó)際運(yùn)輸對(duì)應(yīng)的海運(yùn)費(fèi)、空運(yùn)費(fèi)以及國(guó)外代理提供的境外發(fā)票都沒(méi)有進(jìn)項(xiàng)稅，都不可以抵扣。國(guó)內(nèi)運(yùn)輸服務(wù)對(duì)應(yīng)的船公司和車(chē)隊(duì)都是提供增值稅專(zhuān)用發(fā)票，可以抵扣稅額，沖減營(yíng)業(yè)成本。因此從理論上看，國(guó)際運(yùn)輸服務(wù)申請(qǐng)免稅，單獨(dú)核算國(guó)際運(yùn)輸服務(wù)的收入、成本、進(jìn)項(xiàng)稅額并轉(zhuǎn)出是對(duì)公司最有利的（方案二A）,但是通常情況下分供方提供的發(fā)票既包含國(guó)際業(yè)務(wù)也包含國(guó)內(nèi)業(yè)務(wù)，分別核算工作量大且相當(dāng)繁瑣，容易出差錯(cuò)。如果采用按銷(xiāo)售比例核算進(jìn)項(xiàng)稅轉(zhuǎn)出，操作簡(jiǎn)單，稅務(wù)也認(rèn)可，但由于免稅業(yè)務(wù)收入較應(yīng)稅服務(wù)收入多，且免稅業(yè)務(wù)對(duì)應(yīng)的分供方大多都拿不到可抵扣的發(fā)票，進(jìn)項(xiàng)稅轉(zhuǎn)出就擠占了國(guó)內(nèi)業(yè)務(wù)本來(lái)可以抵扣的數(shù)額，造成稅負(fù)增加，毛利減少（方案二B）。建議大公司調(diào)整內(nèi)部組織結(jié)構(gòu)，組建國(guó)際運(yùn)輸服務(wù)部和國(guó)內(nèi)運(yùn)輸服務(wù)部，分別記賬核算收入、成本和進(jìn)項(xiàng)稅。中小公司可以考慮增加操作業(yè)務(wù)類(lèi)型模塊，對(duì)國(guó)際運(yùn)輸服務(wù)或是國(guó)內(nèi)運(yùn)輸服務(wù)進(jìn)行標(biāo)注加以區(qū)分以達(dá)到分別核算的目的，以實(shí)現(xiàn)公司利益最大化。
（二）針對(duì)國(guó)際運(yùn)輸服務(wù)分析客戶(hù)組成
國(guó)際貨代業(yè)的客戶(hù)可分為直接客戶(hù)和同行客戶(hù)，直接客戶(hù)主要以一般納稅人為主，取得的專(zhuān)用發(fā)票可以抵扣。如果放棄免稅權(quán)，按照目前的.行業(yè)規(guī)則是在報(bào)價(jià)的基礎(chǔ)上加6%的稅款開(kāi)具增值稅專(zhuān)用發(fā)票，稅款由客戶(hù)負(fù)擔(dān)，客戶(hù)抵扣進(jìn)項(xiàng)稅后，成本未增加，貨代公司取得的運(yùn)輸費(fèi)等可以抵扣的發(fā)票，可以抵減營(yíng)業(yè)成本，毛利增加，對(duì)公司有利。但是如果客戶(hù)為同行，且已申請(qǐng)了免稅，不能抵扣進(jìn)項(xiàng)，稅款就需要由貨代公司自己承擔(dān)，收入（不含稅）減少，毛利減少，對(duì)公司不利。因此客戶(hù)組成直接客戶(hù)多的，放棄免稅權(quán)可實(shí)現(xiàn)公司利益最大化。公司應(yīng)根據(jù)自身的實(shí)際情況核算稅負(fù)和毛利，如果放棄免稅對(duì)公司更有利，就應(yīng)該選擇繳納增值稅。如果申請(qǐng)免稅對(duì)公司有利，就應(yīng)該選擇免稅享受?chē)?guó)家給予的稅收優(yōu)惠。公司應(yīng)當(dāng)隨時(shí)監(jiān)控預(yù)測(cè)影響毛利和稅負(fù)的各種因素，選擇對(duì)公司最有利的方案，實(shí)現(xiàn)公司利益最大化。
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