為了進一步強化《關稅與貿易總協定》爭端解決機制，烏拉圭回合談判較全面、徹底地對《關稅與貿易總協定》爭端解決規則和程序作了改進，最終形成了《關于爭端解決規則與程序的諒解》。通過這樣一個強化了的機制，世貿組織希望能更迅速、更有效地處理成員之間的貿易糾紛和摩擦、維護他們之間的權利與義務，督促各成員更好地履行各項協議的義務及其所作的承諾。因此，世貿組織爭端解決機制在《關稅與貿易總協定》的基礎上發展而來，但還不能夠說它就是完善而成熟的，還存在不少的缺陷和不足。歸納下來，可以分為兩類：《關于爭端解決規則與程序的諒解》自身的規則性缺陷以及《關于爭端解決規則與程序的諒解》作為國際力量制衡產物的結構性缺陷。
一、規則性缺陷
1.缺乏有關競爭政策和勞工標準的條款
在烏拉圭回合談判中，對一些行業的相關條款進行了修正，同時，又作出了很大的改進。但是，對于競爭政策和勞工標準的方面，卻缺乏相應的條款。因此，對于世貿組織的爭端解決機制而言，如果遇到有關這兩個方面的相關糾紛就會形成無法可依的局面，從而難以對此二者的糾紛進行公正裁決。
2.執行期限過長
雖然世貿組織的爭端解決機制已經對各個環節的時間進行了限制，比較《關稅與貿易總協定》時期的爭端解決程序大大縮短了時間。但是，從向爭端解決機構提出訴訟開始，各個環節消耗的合理時間加總長達27個月。但是，商機往往一閃即逝，經過如此漫長的等待，即便最后公正的裁決下來，并且得到了執行，對于一個國家，一個行業尤其是那些對外部經濟依賴性很強的國家和部門而言，影響可能已經是巨大而難以彌補的了。
3.爭端解決程序中的損失問題
雖然在《關于爭端解決規則與程序的諒解》中的第22條涉及“補償”，但是，那是針對在“建議和裁決未在合理期限內執行可獲得的臨時措施”。在申訴、裁決和等待執行的“合理期限”內所發生的經濟損失，沒有任何的`條款規定進行何種程度的賠償。并且還有一個問題就是某些特殊及差別待遇條款難以有效執行。
雖然世貿組織的爭端解決機制在《關于爭端解決規則與程序的諒解》中為發展中國家特別提出了8條傾向性規定。但是，如果仔細地看那些條款，就能夠看出來很多其實是出于道義性的，流于宣言式的承諾，可操作性并不強。如第21條的第2款規定“對于需進行爭端解決的措施，應特別注意影響發展中成員利益的事項。”但是，具體特殊的問題和利益并沒有給出相關的內容和要素，因此，在實際案例的進行中，很難具體操作。雖然說，要作出具體的規定的確比較困難，但是，由于條款的含糊不清對于實際操作造成的無效率和困難也是有目共睹的。對發展中成員的傾斜性條款多半流于言語上，難以具體操作執行。
二、結構性缺陷
發展中成員難以真正實行交叉報復方式世貿組織的爭端解決機制的一個十分重要的特點是它以強硬的經濟制裁方式對裁決的實行進行監督。具有代表性的是中止減讓和交叉報復。如果涉及發達成員對其他發達成員或者發展中成員而言，這樣的經濟制裁措施是可以真正保證履行，并且帶來很大的威懾力的。但是，對于發展中成員對一個發達成員而言，是不是能夠真正實施這樣的經濟報復措施還有待商榷。
一是因為發達國家經濟對發展中成員的經濟依賴較小，即便是受到報復，其影響可能也不是很大；同時，發展中成員必須要考慮長久的經濟利益，甚至要考慮政治利益。因此，最后的結果很有可能是放棄這樣的報復，委曲求全。
而另一個缺陷就是發展中成員的建議難在世貿組織通過。
為了提高世貿組織的運作效率，減少自身所受到的不平等待遇。發展中成員提出了很多改進的措施和建議。比如：延長發展中成員的合理執行期限，縮短發達成員的合理執行期限；設立監督機構保障條款落實；改進技術援助體制等。但是，由于發達成員考慮到自身的利益，缺乏推進這些改革措施的興趣，同時由于發展中成員的力量仍然薄弱，這些建議一直都處于懸而未決的狀態，難以通過。
