一、深化政府職能轉變，推進“有限政府”和“服務型政府”建設
實現政府組織結構扁平化，無縫隙化，為有限政府和服務型政府建設提供堅實的組織支撐。職能轉變的同時，更要優化政府組織層級體系，合理配置部門職權，科學設計部門層級具體架構，在部門整合的同時，還要兼顧部門結構，編制和權責的調整和完善。再者就是政府的職能轉變不能僅僅局限于這些經濟職能的轉變，政府的職能定位也不是單純由此到彼的“轉變”；轉變政府職能應該沿著兩條主線展開：政府職能范圍的合理定位與政府職能結構的調整，政府的基本職能就是“宏觀調控、社會管理和公共服務”，強化政府的社會職能和服務職能，弱化政府的經濟職能和管制職能等。實施大部制戰略，是我國政府審時度勢，新時期政府改革的重大舉措，社會主義市場經濟下大部門的前提是“小政府”和“有限政府”。實行“大部制”，能使“傳統的以職能為中心的職能導向型政府”向“以流程為中心的流程導向型政府”上深入轉變，有利于政府重構工作流程，整合政府資源，使政府職能發揮得更加淋漓盡致，使公眾得到便利和高質量的公共服務，最終形成“體制整合，無縫隙服務”。
二、借鑒西方經驗，推行政府決策與執行、監管適度分離，試行“行政三分制”。
大部門制改革的目的，是減少職能交叉推諉和政府管理縫隙，通過決策執行監督權的相互制約，統籌權力的行使。當前我國政府決策、執行、監督等職能交叉混亂現象突出，監督形式化問題嚴重，使執行利益干擾了部門的`決策，導致問責制難以貫徹落實，國家利益被部門化。解決當前弊端，就要建立決策職能、執行職能、監督職能既適度分離又相互協調的行政運行機制，實現決策科學化、執行順暢化、監督有力化。與此同時，我們認為建立不同層面的適度分離機制是可供考慮的思路。即：既要在構建決策、執行、監督等政府職能部門的整體層面上適度分離的組織架構，也要建立決策與執行相分離的政府部門機制，分離出公共服務和行政執法等方面的執行職能，專門設立相應的執行機構，徹底克服決策、執行、監督統攬的弊端。中央民族大學法學院教授熊文釗認為，適當推行機構分權和地方分權改革可以成為政府機構改革的一種新思路，機構分權一方面表現為政府內部層級之間的分權，促使行政組織扁平化；另一方面體現在政府內部機構的決策、執行職能及機構分離。這主要指部門內設組織、機構下放轉變為對立性的單位，有隸屬改變為執行監督，體現決策與執行分離和分權制度化的趨勢。我們還應從與人大、司法部門的關系上來考慮職權的分工與制約。充分發揮大部門的優勢，并實現決策與執行職能的分離是各國政府機構改革的趨勢，并且都存在著強化政府機構綜合性改革的特點。要使大部門高效運作，厘清不同機構之間的職責關系，就必須使決策、執行、監督等職能相分離，這樣，既有利于各自更好地履行職責，也有利于形成權責一致、分工合理、決策科學、執行順暢、監督有力的行政管理體制。
三、發揮民主決策、科學決策機制，完善決策程序
健全政府部門內部信息溝通和利益表達的渠道，促進公眾參與。政府行政決策程序要公開、透明，摒棄過去若干次機構改革決策的神秘主義做法，充分吸收專家和相關人員參與，進行民主商議和科學論證。在傳統的科層制正式化、制度性的政策傳輸途徑之外，大膽探索非制度化、體制外的多元模式決策參與網絡，在宏觀和微觀決策參與體系中間建立中層民意表達機構，發揮社會組織和第三方民間機構的監督作用，發揮連接宏觀和微觀決策網絡紐帶的作用。完善決策程序，加強決策監督，真正實現透明、民主和公平決策。同時，建立決策激勵機制，促進公務員參與決策的積極性和主動性，廣開言路，博采眾長，保障決策的合理合法性，滿足行政相對人的利益要求。加大公共決策內部參與制度，由于基層官員擁有較大的自由裁量權，與現實接觸多，對于一些常規性，技術性的問題完全可以授權決策。內部決策機制的建立還包括合理放權、改革傳統的層級結構關系，建立上下級的對話制度等。用這種平向的方式改革傳統的縱向和垂直的決策參與機制，不僅能夠體現對公務員個人價值的尊重，有利于個人的成長和發展，而且能實現組織扁平化，弱化官僚政府決策中心地位，使決策更貼近公眾，接近組織結構的末梢，對服務型政府的構建有積極意義。當前我國新一輪大部制改革更突出問題導向意識，職能轉變為核心，并以建立基礎政府管理制度為目標和方向的改革路徑，這是進一步深化服務型政府建設和現代國家治理體系的重要舉措。這也預示著我國在向社會主義現代化目標邁進的過程中，已經逐步走出歷次機構改革的怪圈，從進一步規范和完善市場經濟著手，充分發揮市場機制在政府職能轉變過程中的積極作用，培育與市場經濟相配套的法治文化氛圍，克服官本位的消極影響，加強社會團體的自治功能，最終建成一個高效、廉潔、統一、法治、適應社會主義市場經濟體制的政府機構和公共行政管理體制。
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