一、進境申報
（1）進境申報單
A.申報時限
國際轉運貨物進境后24小時內，其船舶代理企業應按進境船名、IMO號、航次將相關數據報送至進境靠泊的碼頭公司，并由其復核后向海關發送進境申報單。
B.申報內容
進境申報單表頭部分應包含進境船舶IMO編號、進境船名（英文）、進境航次、進境時間、進境碼頭、申報時間等信息；進境申報單表體部分應包含集裝箱箱號、尺寸、貨物品名、重量、件數、提單號、啟運港、目的港、鉛封號、空重箱標識等信息。
如國際轉運箱為空箱類型的，貨物品名可填報0或EMPTY CONTAINER，重量、件數、提單號、鉛封號均可填報０，申報出境時做法相同。
C.審核信息反饋
海關國際轉運系統接收到進境申報單后進行自動審核：
對審核通過的，將反饋審核通過結果，并將申報單內集裝箱號狀態標識為“待核”；
對申報格式不規范、內容填報不完整或重復申報的予以退單，并反饋退單原因，船舶代理、碼頭部門應核實后重新申報；
對未在規定時間內申報進境的，系統將進境申報單轉人工審核，
并反饋轉人工審核原因，船公司或其代理人應遞交關于未在規定時限內申報進境的情況說明至大榭海關業務一科現場，海關驗核后辦理相關手續。
（2） 進境變更申報單
A.申報內容
國際轉運貨物進境申報單海關審核通過后，如申報與實際有出入的，即存在國際轉運貨物卸船后漏報、國際轉運貨物誤報為進口貨物、國際轉運貨物未卸船多報、進口貨物誤報為國際轉運貨物或錯報尺寸、貨物品名、重量、件數、提單號、啟運港、目的港、鉛封號、空重箱標識信息等情況的，船舶代理企業應按進境船名、IMO號、航次將需變更的相關數據報送至進境靠泊的碼頭公司，并由其復核后通過系統向海關發送進境變更申報單，同時還應遞交下表所列紙面申請單證：
進境變更申報單表頭部分應包含進境船舶IMO編號、進境船名（英文）、進境航次、進境時間、進境碼頭、申報時間等信息，表體部分如下（無該類變更類型的則為空即可）：
B.審核
（1）系統審核
海關接收到進境變更申報單后，將由系統對變更申報單的格式、內容進行自動審核，對于申報格式不規范或內容錯誤的予以退單，并反饋退單理由。
（2）人工審核
對于申報準確規范的，系統將進境變更申報單轉人工審核，海關人工審核通過的，系統予以變更相應內容。
二、出境申報
（1） 出境申報單
A.申報時限
在國際航行船舶裝載出境國際轉運貨物前，出境船船舶代理企業應按載運國際轉運貨物進境的船名、航次將相關數據報送至出境碼頭，并由其復核后向海關發送出境申報單。
B.申報內容
出境申報單表頭部分應包含進境船舶IMO編號、進境船名（英文）、進境航次、出境船舶IMO編號、出境船名（英文）、出境航次、出境時間、出境碼頭、出境申報時間等信息；出境申報單表體部分應包含集裝箱箱號、尺寸、貨物品名、重量、件數、提單號、啟運港、目的港、鉛封號、空重箱標識等信息。
C.審核信息反饋
海關國際轉運系統接收到進境申報單后進行自動審核：
對申報格式不規范、內容填報不完整、未能檢索到對應進境申報單、未在進境申報單中全部找到對應集裝箱號或進境集裝箱號狀態標識不是全部為待核的出境申報單系統予以退單，并反饋退單原因，船舶代理、碼頭部門應核實后準確申報；
對于出境申報單格式規范，系統能檢索到對應進境申報單，并在進境申報單中全部找到對應集裝箱號，且進境集裝箱號狀態標識全部為待核的，接受國際轉運貨物出境申報，并按集裝箱號依次進行審核，進境集裝箱號未被加鎖的，系統審核通過該出境集裝箱號，將出境集裝箱箱號標識為“放行”并發送相應電子放行信息至碼頭部門，碼頭部門憑電子放行信息予以裝船。同時系統將進境申報單中相應集裝箱箱號的狀態標識由“待核”改為“已核注”；
對進境集裝箱號被加鎖的，則系統將該出境申報單該類集裝箱轉人工審核；船舶代理或船公司應遞交紙面解鎖申請，并根據海關要求提供其他單證，由人工審核通過后予以電子放行。
（2） 出境變更申報單
A.申報內容
國際轉運貨物出境審核結束后，如申請刪除已審核通過集裝箱；或審核通過已放行集裝箱因爆艙等原因未實際裝載上船申請改船，由另一出境船舶、航次載運出境；或申請對除箱號外的其他表體信息進行更新的，船舶代理應按出境船名、IMO號、出境航次將需變更的。
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