專項審計報告是指注冊會計師根據中國注冊會計師審計準則的規定，在實施審計工作的基礎上對被審計單位的專門某一項目款項的財務報表發表審計意見的書面文件。專項審計報告僅供企業向工商稅務部門申報資產重組事宜。
專項審計報告的格式
第一章 報告內容專項審計報告應包括以下主要內容：
一.說明部分1.說明委托方名稱(被審計公司名稱)及委托目的(審計目的);2.說明被審計單位責任、審計機構(注冊會計)責任、審計依據。
二.公司及項目基本情況1.公司基本情況，包括：公司名稱、注冊日期、營業執照頒發機構、注冊號碼、注冊資本，法定代表人、公司住所，經營范圍。
2.簡述項目情況。
三.創新基金項目合同及相關規定1.項目申報時間、項目名稱、合同簽訂時間、立項代碼、取得創新基金資助金額及資助方式。
2.項目投資總額。
3.創新基金用途。
4.項目合同規定的各項經濟指標情況。
四.合同執行期間項目各項經濟指標完成情況1.資金到位情況2.資金支出情況3.項目各項經濟指標完成情況(1)項目實現銷售收入情況(按年度分列)(2)項目成本情況(3)項目繳納稅金情況(4)項目應承擔的期間費用(5)項目實現利潤五.公司成長情況項目立項(申請)時及項目驗收時，公司總資產、年總收入、年繳稅總額、年凈利潤總額增長率。
六.報告附注1、會計政策注釋。
2、公司適用稅種及稅率。
3.主要財務指標注釋。
第二章 注意事項及說明一. 有關說明部分：應詳細描述被審計單位和審計機構責任，明確審計依據。
1.有關被審計單位責任：應明確公司對審計資料的真實性、合法性和完整性負有全部責任，承諾審計資料、信息不存在舞弊行為，并應對項目資金支出和產品銷售(服務等)收入范圍作出恰當界定。
2.有關審計機構(注冊會計)責任：應明確，注冊會計應當在獲取充分、適當的審計證據，復核和評價審計證據，并確認公司編制的`資金支出和收入明細表不存在重大錯報的基礎上發表審計意見。
特別指出，如果公司提供的審計證據不足，或提供的收入明細表等可能存在重大不符合編報規定的情況，注冊會計應追加必要的審計程序。
3.有關審計依據：在說明段中應明確是按照《專項審計報告編制要求》的規定，以《科技型中小公司技術創新基金*******項目合同》作為審計依據。
二.有關投資總額：應詳細報告投資情況，包括已完成部分，計劃新增部分，新增部分中科技部創新基金資助、地方資助、銀行貸款等。
三.有關資金支出情況：應按固定資產投入、開發費用投入、流動資金投入三類分別列示。
四.有關項目收入確認：不僅包括項目產品的銷售收入，還應包括項目通過技術開發和培訓服務、承包工程、出租等方式實現的收入。
五.有關時間一致性問題：審計報告應注意保持時間上的一致性。考核期為創新基金合同規定之日起截止到審計當月的前一月。
六.有關項目累計收入：累計收入是從創新基金合同規定之日起截止到審計當月的前一月，基金項目實現的總收入。
七.有關項目年度收入：年度收入是截止到審計當月，前12個月內基金項目實現的收入。
八.有關項目應承擔的期間費用：期間費用應按照項目實現的收入及同期公司總收入的比例進行分攤。
九.增長率(考核公司成長情況，包括總資產、年總收入、年繳稅總額、年凈利潤總額)計算說明：
(一)增長率=[(驗收時值-立項(申請)時值)÷立項(申請)時值]×100%(二)認定：“公司總資產”的時點日和金額為項目立項(申請)時前1個月及驗收(審計)時前1個月公司資產負債表中反映的“資產總額”。
(三)認定：公司“年總收入”、“年繳稅總額”、“年凈利潤總額”時段和金額為項目立項(申請)時及驗收(審計)時前12個月累計的“主營業務收入及其他收入”、實際支付的“增值稅、營業稅、城建稅、教育費附加、公司所得稅”、“凈利潤總額”。
“時段”采用數值建議：“項目立項(申請)時值”采用項目立項(申請)時上一年度會計報表反映的數值;“驗收(審計)時值”，上半年驗收(審計)的項目，采用驗收(審計)時上一年度會計報表反映的數值，下半年驗收(審計)的項目，采用審計時前12個月的累計數值。
十.注意創新基金資助項目及非基金資助項目是否分別獨立核算，審計過程中不可將非創新基金資助項目的各項財務指標列進創新基金資助項目的指標之中。
十一.審計過程中注意創新基金資助項目實現的收入及支出是否相配比。
十二.有關報告使用范圍問題：報告末尾應注明“本報告僅供“科技型中小公司技術創新基金******合同”驗收使用”。
十三.有關報告附注：財務報告附注隨審計報告附送，并非審計報告附件。
十四.有關審計意見問題：
1、當出具無保留意見的專項審計報告時，意味著注冊會計通過實施審計工作，認為公司編制的項目相關明細表符合合法性和公允性的要求，合理保證其不存在重大錯報;注冊會計如果認為因審計范圍受到限制，不能獲取充分、適當的審計證據，雖然影響較大，但整體是公允的情況下，應當出具含有保留意見段的專項審計報告，在審計保留意見段中使用“除…的影響外”等術語。
2、有關對項目合同執行情況：專項審計報告中對科技型中小公司技術創新基金收支使用情況及“科技型中小公司技術創新基金******合同”中經濟指標的執行情況只做陳述性報告，對于是否完成合同約定不發表結論性意見。
第三章 基本要求一.審計報告必須由具有資格的會計事務所出據;二.審計報告必須由兩名注冊會計簽字、蓋章和加蓋事務所公章;三.審計報告必須加蓋騎縫章或每頁加蓋專用章;四.上報的審計報告必須是原件;五.必須附事務所營業執照副本、執業證書、兩名審計人員的注冊會計資格證書(復印件)。
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