財務分析作為公司管理工作，其主要作用在于通過財務數據揭示公司存在的問題，并針對問題提出解決方法，最終促進企業的發展。但當前許多企業財務分析存在一些問題，主要有以下這些：
一、立足點不清，把報告寫成下對上的匯報
財務分析應該成為公司管理的工具。作為工具，財務分析應立足于財務數據，揭示公司存在的問題，分析問題產生的原因，并提出有針對性的解決方案。如果異位，把財務分析演變成下級對上級的匯報，分析報告將會變味，分析問題會變成尋找客觀理由，解決問題會變成推諉責任。最終，管理工具會淪落為表功道具。
二、機械套用模板
財務輸出模板化的理念現在已經深入人心了。模板化的好處表現為：①上級將自己的意圖直接說出來了，下級就不用猜測了;②交付格式統一，便于匯總;③填報時可直奔主題，省去了下級的無效工作量;④關注點明確，減少了上級的無效閱讀。說白了，就是把少數人思考的結果作為集體意識貫徹下去，讓大家都省點心。
不少集團公司都會編制財務分析模板，下發給分子公司使用。一旦有了模板，分子公司的會計人樂得省心，直接套用模板，而不考慮自己的實際是否與模板匹配。試想，模板是根據集團的共性設計的，每個公司都有自己的特色，不加變通，模板就成了阻礙了。
三、把握不住重點，沒能重點揭示根本性的問題
每個企業經營中都會有最突出的問題，或者說是最根本的問題，如同企業的病灶。這一病灶又會引來諸多的不良反應或其他疾病，但這些反應與疾病都是次要的。成功的財務分析需要透過財務數據，找出企業最根本的問題。譬如，公司銷售收入下降，有研發設計的原因，有成本價格的原因，有質量的原因，有廣告宣傳的原因，根本的原因可能是研發設計不夠時尚。如果不能拿捏住它，所有的分析都將是膚淺的，甚至可能是方向性誤導的。
四、揭示出的問題與對應專項分析不能呼應
分析一旦揭示出了公司最根本的問題，就需要對此問題進行專項的、深入的分析。譬如，公司資金鏈緊張，主要是因應收賬款過度膨脹造成的.。揭示這一問題后，專項分析就應定位在如何限制新增應收賬款、如何清收前期應收賬款、如何制定賒銷政策與進行客戶評級。這樣娓娓道來，才能首尾呼應，讓分析報告富有邏輯性。要是揭示出的問題與專項分析風馬牛不相及，做出的財務分析必然會與業務實質兩張皮。
五、就數字論數字，沒有挖掘業務層面的原因
財務分析報告中，我們經常能看到此類話語，“公司利率下降了20%，主要因為收入下降了10%，管理費用增加了20%，銷售費用增加了15%”。這樣的數據羅列，實際不能稱之為分析，因為我們看不出收入緣何而下降，費用因何而增高。建議這么寫，“因華南市場推廣受阻，xx產品銷量降低了30%，導致毛利減少xx萬元”，“因寫字樓租金上漲xx萬元，導致管理費用增加了20%;華南市場廣告投入增加xx萬元，導致銷售費用增加了15%”。把數據背后的故事說出來，分析報告會更打動人。
六、定性描述多，定量分析少
“因市場競爭加劇，公司收入出現大幅下降，利潤也因之降低。”這是典型的定性式描述。如果財務分析不能做到量化，只是寬泛地講原因，分析結果的可信度要下降許多。大家都希望能做到分析量化，言之有據，應該承認，很多時候數據確實不易取得。有的是因為沒有積累，有的是因為核算顆粒度太粗放，有的是因為核算維度未涉及，有的是因為組織架構調整。除了這些原因，還可能是因為我們對市場、對業務理解不透徹。量化分析不僅是財務核算精準的體現，也是財務人員深入理解業務的體現。
七、預測的準確性差
財務分析報告在結尾處往往要對全年的經營指標結果進行預測。預測準確與否，從某種程度上講也是檢驗財務分析效果的標尺。談及華為的財務預測工作時，任正非曾說，預測是管理的靈魂。財務對業務的支持從事后走向事前，預測是可以為之的舉措。準確的預測有助于公司做出正確的決策，可以優化公司的資源配置。