該塔身底層南北各開一門，二層以上周設平座欄桿，每層裝有木質樓梯，游人逐級攀登，可達頂端。二至五層每層有四門，均設木隔扇，光線充足，出門憑欄遠眺，恒岳如屏，桑干似帶，盡收眼底，心曠神怡。塔內各層均塑佛像。一層為釋迦牟尼，高11米，面目端莊，神態怡然，頂部有精美華麗的藻井，內槽墻壁上畫有六幅如來佛像，門洞兩側壁上也繪有金剛、天王、弟子等，壁畫色澤鮮艷，人物栩栩如生。二層壇座方形，上塑一佛二菩薩和二脅侍。三層壇座八角形，上塑四方佛。四層塑佛和阿難、迦葉、文殊、普賢像。五層塑毗盧舍那如來佛和人大菩薩。各佛像雕塑精細，各具情態，有較高的藝術價值。
塔頂作八角攢尖式，上立鐵剎，制作精美，與塔協調，更使木塔宏偉壯觀。塔每層檐下裝有風鈴，微風吹動，叮咚作響，十分悅耳。
應縣木塔的設計，大膽繼承了漢、唐以來富有民族特點的重樓形式，充分利用傳統建筑技巧，廣泛采用斗拱結構，全塔共用斗拱54種，每個斗拱都有一定的組合形式，有的將梁、坊、柱結成一個整體，每層都形成了一個八邊形中空結構層。設計科學嚴密，構造完美，巧奪天工，是一座既有民族風格、民族特點，又符合宗教要求的建筑，在我國古代建筑藝術中可以說達到了最高水平，即使現在也有較高的研究價值。
該塔設計為平面八角，外觀五層，底層擴出一圈外廊，稱為“副階周匝”，與底屋塔身的屋檐構成重檐，所以共有六重塔檐。每層之下都有一個暗層，所以結構實際上是九層。暗層外觀是平座，沿各層平座設欄桿，可以憑欄遠眺，身心也隨之溶合在自然之中。全塔高67.3米，約當底層直徑2.2倍，比例相當敦厚，雖高峻而不失凝重。各層塔檐基本平直，角翹十分平緩。平座以其水平方向與各層塔檐協調，與塔身對比；又以其材料、色彩和處理手法與塔檐對比，與塔身協調，是塔檐和塔身的必要過渡。平座、塔身、塔檐重疊而上，區隔分明，交代清晰，強調了節奏，豐富了輪廓線，也增加了橫向線條。使高聳的大塔時時回顧大地，穩穩當當地坐落在大地上。底層的重檐處理更加強了全塔的穩定感。
由于塔建在4米高的.兩層石砌臺基上，內外兩槽立柱，構成雙層套筒式結構，柱頭間有欄額和普柏枋，柱腳間有地伏等水平構件，內外槽之間有梁枋相連接，使雙層套筒緊密結合。暗層中用大量斜撐，結構上起圈梁作用，加強木塔結構的整體性。塔建成三百多年至元順帝時，曾經歷大地震七日，仍巍然不動。塔內明層都有塑像，頭層釋迦佛高大肅穆，頂部穹窿藻井給人以天高莫測的感覺。頭層內槽壁面有六尊如來畫像，比例適度，色彩鮮艷，六尊如來頂部兩側的飛天，更是活潑豐滿，神采奕奕，是壁畫中少見的佳作。二層由于八面來光,一主佛、兩位菩薩和兩位脅從排列，姿態生動。三層塑四方佛，面向四方。五層塑釋迦坐像于中央、八大菩薩分坐八方。利用塔心無暗層的高大空間布置塑像，以增強佛像的莊嚴，是建筑結構與使用功能設計合理的典范。
木塔自建成后，歷代名人掛匾題聯，寓意深刻，筆力遒勁，為木塔增色不少。其中：明成祖朱棣于永樂四年（公元1406年），率軍北伐，駐宿應州，登城玩賞時親題“峻極神功”；明武宗朱厚照正德三年（公元1508年）督大軍在陽和（山西陽高縣）、應州一帶擊敗入侵的韃靼小王子，登木塔宴請有功將官時，題“天下奇觀”。塔內現存明、清及民國匾、聯54塊。對聯也有上乘之作，如“拔地擎天四面云山拱一柱，乘風步月萬家煙火接云霄”；“點檢透云霞西望雁門丹岫小，玲瓏侵碧漢南瞻龍首翠峰低”。此外，與木塔齊名的是塔內發現了一批極為珍貴的遼代文物，尤其是遼刻彩印，填補了我國印刷史上的空白。文物中以經卷為數較多，有手抄本，有遼代木版印刷本，有的經卷長達30多米，實屬國內罕見，為研究我國遼代政治、經濟和文化提供了寶貴的實物資料。
在山西應縣佛宮寺釋迦塔內，供奉著兩顆為全世界佛教界尊宗的圣物佛牙舍利，它盛裝在兩座七寶供奉的銀廓里，經考證確認為是釋迦牟尼靈牙遺骨。
公元486年，釋迦牟尼涅盤，享年80歲，佛滅度后，共留下七顆佛牙舍利。
今日之佛教界，對釋迦牟尼荼毗后究竟留下多少顆佛牙，看法不一。一說是佛滅度后留下四顆佛牙，另一說是佛滅度后留下七顆佛牙。
佛入滅后，究竟留下多少顆佛牙？而各方爭論的依據又是什么呢？
研讀過佛經的人都知道，有關佛牙的記載出自《大般涅 盤經》。而《大般涅盤經》共有三個版本。第一個版本為東晉法獻所譯《大般涅盤經》（三卷）；第二個版本共有三個譯本：第一個譯本為北涼天竺三藏曇識譯《大般涅盤經》（四十卷），第二個譯本為宋代沙門慧嚴等依泥洹經加之《大般涅盤經》（三十六卷），第三個譯本為東晉平陽沙門法獻譯《佛說大般泥盤經》（六卷）；第三個版本為《大唐南海波凌國沙門若那跋陀羅譯《大般涅盤經》（后分卷上下）。
上述三個版本都稱為《大般涅盤經》，都是記載釋迦牟尼如何涅盤的經典，前二個版本并未提及佛滅度后留下佛牙，只有在第三個版本即南本《大般涅盤經》（后分卷上下）的卷下的《圣軀廓潤品第四》記載有釋迦牟尼荼毗后留有佛牙：
《大般涅盤經圣軀廓潤品第四》
爾時帝釋，持七寶瓶及供養具至荼毗所，其大火一時自然滅盡。帝釋即開如來寶棺欲請佛牙，樓逗即問：“汝何為耶？”答言“欲請佛牙還天供養”。樓逗言：“莫輒自取，可待大眾爾乃共分。”釋言“佛先與我一牙舍利，是以我來火即自滅。”帝釋說是語已即開寶棺，于佛口中右畔上頜取牙舍利，即還天上起塔供養。爾時有二捷疾羅剎，隱身隨釋，眾皆不見。盜取一雙佛牙舍利。爾時城內一切士女大眾，即一時來欲爭舍利。樓逗告言：“大眾當知待且安祥，如佛所說，應當如法共分供養。”爾時城內士女一切大眾，不聞樓逗所言。乃各執持矛槊弓箭刀劍、槊一切戰具，各自莊嚴欲取舍利。爾時城內大眾即開佛棺，兜羅白 顫毛宛然不燒。大眾見已復大號哭，流淚盈目，各將所持悲哀供養，深心禮拜流淚長跪，同說偈贊。
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